商標局收到注冊商標轉讓申請后，將會對轉讓申請進行審查，但內容僅限于注冊商標轉讓申請中所顯示的內容，并不包括對商標轉讓合同的審查。
雙方當事人因商標轉讓合同發生的糾紛屬于民事糾紛。《商標法》也沒有賦予商標主管機關可以調解或解決商標轉讓糾紛的職能，故商標局或商評委不受理雙方當事人有關轉讓合同的糾紛。雙方當事人解決合同糾紛的途經只能選擇訴訟或依據合同約定進行仲裁。
商標局對商標轉讓申請審查的主要內容包括:
第一，轉讓人的主體資格審查，即轉讓人是否為商標注冊人，在實踐中通常表現為申請書上填寫的轉讓人與商標局檔案記錄的商標注冊人名義是否相符;
第二，商標權權利狀態審查，即轉讓商標應當依法注冊并處于有效期限內，或者處于申請中，不存在禁止轉讓的情形，具體包括轉讓商標已注銷、己被商標局或者商評委撤銷、已被人民法院或者其他執法機關采取查封等強制措施、已辦理過質押登記具轉讓行為未取得質權人同意等;
第三，一并轉讓原則的審查，即審查商標注冊權人是否對其在同一種或者類似商品上己注冊或著申請中的相同或者近似的商標一并轉讓，未一并轉讓的，由商標局通知其限期補正，期滿不補正的，視為放棄轉讓該注冊商標的申請，商標局書面通知申請人;
第四，不良影響的審查，即《商標法實施條例》第25條所規定，對商標轉讓后可能產主誤認、混淆或者其他不良影響的轉讓注冊商標申請，商標局不予核準，書面通知申請人并說明理由。
商標轉讓采取的措施有哪些
此外，國家工商行政管理總局商標局2005年11月出臺新措施完善程序從嚴審核商標轉讓，將重點審查商標轉讓申請書及商標轉讓協議書上的印章和簽名，采取的措施具體包括:
第一， 將商標轉讓申請書上轉讓人使用的印章或簽字，與辦理商標注冊申請時使用的印章或簽字進行核對;
第二， 對印章明顯不符的，要求轉讓人必須說明印章變更情況，提供印章管理部門出具的證明，并提供轉讓人的經年撿有效的營業執照副本復印件(加蓋章戳)和轉讓雙方申請人簽訂的轉讓協議；
第三， 對簽字明顯不符的，要求轉讓人必須說明情況，并提供轉讓人的有效證件(簽字)和轉讓雙方申請人簽訂的轉讓協議;
第四， 對印章或簽字明顯不符的向申請人發出《轉讓申請補正通知書)，要求申請人必須在收到通知書之日起30日內(不含往返郵程)按有關要求補正，未在規定期限內補正的，商標局將視為申請人放棄補正，駁回其轉讓申請。
